Sporadici ritrovamenti sulle colline di Eboli testimoniano antiche frequentazioni umane in periodi largamente anteriori al terzo millennio a.C. La prima presenza documentata di popolazioni sul territorio risale all'Eneolitico ossia alla fase del passaggio dall'Età della Pietra a quella dei Metalli, testimoniata dal ritrovamento di tombe dette "a grotticella" della cosiddetta Civiltà del Gaudo (1800-2500 a.C.) in località Madonna della Catena. Dall'esame dei resti dei corredi funerari si è potuto rilevare che si trattava di popolazioni con caratteristiche culturali simili a quelle Egeo-Anatoliche che, approdate nell'Italia meridionale, si diffusero nell'interno seguendo le grandi valli fluviali.

Le prime testimonianze risalenti all'Età del Bronzo sono state messe in luce sulla collina di Montedoro che rappresenta il luogo originario della presenza stabile dell'uomo sul territorio. Dal IX sec. a.C. nella Piana del Sele sopraggiungono popolazioni provenienti dall'Etruria meridionale, portatrici della cosiddetta Civiltà Villanoviana su cui si innesteranno successive presenze Etrusche: partendo dal centro costiero di Pontecagnano, si irradiarono nelle aree interne fino al Vallo di Diano. In questa fase, e nelle successive, che videro il consolidarsi della presenza etrusca a nord del Sele e quella greca a sud, Eboli diventa un naturale ponte di collegamento fra le civiltà e le economie della piana e quelle collinare-montane delle zone interne. Eboli, infatti, pur restando separata dal mare sin dall'età protostorica e soprattutto in età arcaica - quando il tratto costiero della Piana del Sele appare controllato da Pontecagnano e Paestum - è posta a controllo della parte più interna di questa pianura e costituisce la naturale cerniera tra la costa e l'entroterra: gli importanti itinerari naturali di comunicazione, che hanno reso il suo territorio un punto privilegiato nelle comunicazioni tra la costa e l'interno, rimangono uno dei fattori più importanti per spiegare la lunga vitalità dell'insediamento.

A partire dalla fine del V sec. a.C. popolazioni italiche, ormai profondamente permeate della cultura Greca ed Etrusca, estesero la loro egemonia su quasi tutta la Campania. Eboli diventa, in questa fase, un centro di riferimento delle tribù lucane, che creano sulla collina di Montedoro una città fortificata da cui si poteva dominare tutta la Piana del Sele. Secondo la tradizione storica, dalla tribù Lucana degli Eburini, insediatasi sul nostro territorio, discende l'attuale nome di Eboli. Le testimonianze archeologiche sulla collina di Montedoro, dove è possibile osservare resti di mura lucane, e le numerose necropoli sparse a margine del Centro antico e su tutto il territorio comunale, testimoniano l'entità e la potenza di una presenza a cui si dovette piegare anche Paestum.

Con l'avvento dei Romani e la costruzione della Via Popilia (detta anche Regio-Capuam) che congiungeva Capua a Reggio, Eburum (nome romano della città) diventa un fiorente centro artigiano-commerciale a cui viene riconosciuto il titolo di municipium, attribuito solo a centri di particolare importanza.